Mặc dù đồng tính vẫn chưa được quan tâm đầy đủ ở Việt Nam,[27][28] nhóm hành vi MSM luôn luôn tồn tại và có những nguy cơ lây nhiễm bệnh lây truyền qua đường tình dục. MSM được xếp vào nhóm có nguy cơ cao lây nhiễm HIV/AIDS[29] vì một bộ phận MSM có nhiều bạn tình và không ý thức đầy đủ về các nguy cơ lây nhiễm để áp dụng biện pháp an toàn.[27] Những nhóm nguy cơ khác là người tiêm chích ma túy dùng chung kim tiêm, người mua hoặc bán dâm, người thường xuyên tiếp xúc với vết thương, máu hoặc dụng cụ y tế mà không đảm bảo an toàn và một số nhóm khác.

Theo ông Lê Nhân Tuấn, Giám đốc Trung tâm phòng chống HIV/AIDS Hà Nội cho biết, tính đến ngày 31 tháng 10 năm 2007, tích lũy các trường hợp nhiễm HIV/AIDS, Hà Nội có 13.318 người nhiễm HIV trong đó có khoảng 1.000 người đồng tính nam.[30]

Can thiệp sức khoẻ tình dục nam giới là chương trình do tổ chức UNESCO Việt Nam triển khai trong giới đồng tính luyến ái nam.

Năm 2006, Viện Vệ sinh Dịch tễ Trung ương và tổ chức Sức khỏe Gia đình Quốc tế (FHI, Family Health International) nghiên cứu 397 MSM ở Hà Nội và 393 MSM ở Thành phố Hồ Chí Minh. Theo như họ khai, trong tháng gần nhất, 43,7% ở Hà Nội và 70,2% ở Thành phố Hồ Chí Minh có ít nhất 2 bạn tình và 21,8% ở Hà Nội và 40,7% ở Thành phố Hồ Chí Minh bán dâm cho ít nhất 2 bạn tình nam. Trong số những người bán dâm, 44,2% ở Hà Nội và 28,5% ở Thành phố Hồ Chí Minh không dùng bao cao su trong lần quan hệ gần đây nhất. Khoảng 1/5 ở cả Hà Nội và Thành phố Hồ Chí Minh từng dùng ma túy và 9,2% ở Hà Nội và 3,8% ở Thành phố Hồ Chí Minh từng tiêm ma túy. Có 9,4% trong mẫu ở Hà Nội và 5,3% trong mẫu ở Thành phố Hồ Chí Minh có HIV.[31]

Những nghiên cứu khác cho thấy trong mẫu MSM được nghiên cứu ở Thành phố Hồ Chí Minh năm 2005 có 8,0% có HIV và mẫu MSM ở Khánh Hòa có 0% có HIV.[31]

Phòng chống HIV cho MSM ở Việt Nam đã không được quan tâm trước đây một phần là do người ta không hiểu biết về nhóm bị kỳ thị cao và khó tiếp cận này. Năm 2004, Ủy ban Phòng chống Aids Thành phố Hồ Chí Minh tiến hành một chương trình thí điểm phòng chống HIV cho MSM sử dụng đồng đẳng viên tiếp cận ở 24 quận huyện nhằm cung cấp thông tin và kỹ năng trong việc phòng chống HIV. Chương trình đã tiếp cận khoảng 3.400 MSM một năm và hướng dẫn họ tới các dịch vụ tư vấn, xét nghiệm, chăm sóc và chữa trị bệnh lây truyền đường tình dục. Nhiều trung tâm được thành lập ở Hà Nội, Hải Phòng và Thành phố Hồ Chí Minh.[31]

MSM dùng Internet

Từ tháng 11 năm 2008 đến tháng 2 năm 2009, những MSM vào 5 diễn đàn Internet dành cho người đồng tính nam phổ biến nhất được mời trả lời bảng câu hỏi về đặc điểm xã hội-nhân khẩu và hành vi tình dục. Có 1.453 bảng trả lời phân biệt với đầy đủ thông tin về hành vi tình dục. Tuổi trung bình là 23. Hơn 80% từng học đại học, cao đẳng. 66,7% tự nhận là người đồng tính nam. 85,4% từng lên mạng để tìm kiếm bạn trai trong 12 tháng gần nhất. 59% nghĩ rằng họ không có nguy cơ nhiễm HIV. Trong 6 tháng gần nhất, 75,8% từng quan hệ tình dục chỉ với nam và 7,6% cũng từng quan hệ với nữ. Trong nhóm những người có quan hệ này trong 6 tháng gần đây này, 48% có nhiều hơn một bạn tình nam và 72,1% có quan hệ hậu môn. Trong số nhóm có quan hệ hậu môn đó, 40% không dùng bao cao su trong lần quan hệ hậu môn gần nhất. Một kết luận đáng lo ngại là: mặc dù từng học cao đẳng và đại học, nhiều MSM trẻ dùng Internet này vẫn nghĩ rằng họ không có nguy cơ lây bệnh nếu quan hệ với người cùng giới, và do vậy đã quan hệ không an toàn. Chương trình phòng chống HIV cho MSM bao gồm những chương trình cho người sử dụng Internet cần được mở rộng.[32]